壮骨止痛胶囊抗实验性绝经后骨质疏松作用的三维组学分析(2)
3.4 壮骨止痛胶囊抗绝经后骨质疏松的蛋白质组学分析 在研究转录基因组学的同时，课题组研究了壮骨止痛胶囊全方、有效部位和部分有效成分抗绝经后骨质疏松作用的蛋白质组学。结果表明，全方对于骨质疏松模型大鼠股骨的32个蛋白具有调节作用，通过质谱鉴定了其中的21个蛋白[20-21]。这些蛋白分别涉及骨细胞的细胞保护、能量代谢、细胞信号传导、免疫、无机离子代谢、细胞损伤修复、细胞凋亡、细胞迁移等8个方面功能。与无水乙醇部位相比，石油醚部位侧重于对能量代谢相关蛋白的调节。与石油醚部位比较，无水乙醇部位侧重于对细胞信号传导、细胞凋亡、细胞迁移等相关蛋白的调节。淫羊藿苷调节的蛋白涉及细胞保护、能量代谢、信号传导、细胞凋亡、细胞迁移等方面。蛋白质组学分析结果表明随着化学组学的变化，蛋白质组学也随之发生相应的变化，并且，壮骨止痛胶囊各化学组对蛋白质组学的调节各有侧重。
3.5 壮骨止痛胶囊抗绝经后骨质疏松的三维组学综合分析 怎样在同一张表格中表现三维及三维以上的组学结果是一个值得探讨的问题，合理的表格设计可以直观地反映各组学研究结果之间的相互关系。本文设计了一种三维表格（表1），各维组学结果集中展现在表格的中间区，中药化学组学作为自变量安排在表格的横列，其他组学作为因变量安排在纵列，在每一个自变量下按一定顺序安排相应因变量，这样便于比较各组学随化学组学而变化的情况。
通过对三维表的分析，发现如下特点：①壮骨止痛胶囊各化学组除了调节共同的基因和蛋白外，每个化学组对基因组和蛋白质组的调节均各有侧重。如石油醚部位侧重对能量代谢基因和蛋白的调节，无水乙醇部位侧重对信胞信号传导相关基因和蛋白的调节，淫羊藿苷侧重于对能量代谢相关基因和蛋白的调节。②转录基因组学研究结果与蛋白质组学研究结果在功能上具有显著相关，但是，除少数基因与蛋白一一对应外，绝大多数基因和蛋白并非存在一一对应的关系。由于基因组学和蛋白质组学2种组学的灵敏度不一致，以及从基因表达到蛋白翻译过程的影响因素太复杂，因此，出现基因组学结果不能与蛋白质组学结果一一对应的现象。另外，基因组学中有大量基因表达已发生变化，但其变化值尚未超过分析规定的阈值。但是，从功能区划来说，2种组学的研究结果是一致的，这也说明很有必要从多维组学角度进行中药物质基础和作用机制研究。③蛋白质组学显示了一些基因组学没有显示的功能变化，如与细胞迁移相关的Myosin light chain 3蛋白在基因组学中没有反映出变化，而细胞迁移与破骨细胞的溶骨活动和成骨细胞的成骨活动密切相关，这也更进一步表明从多维组学研究中药复方药理作用机制的必要性。
从壮骨止痛胶囊抗绝经后骨质疏松作用的三维组学研究分析可见，对于中药复方的作用机制研究，不能仅仅从单一的复方和单一的组学进行研究，而应从复方、有效部位、有效成分等多层次化学组学，以及基因转录组学、蛋白质组学、代谢物组学等多层次生物组学出发进行研究，才能阐明化学组学与多个生物组学之间的内在变化规律。
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